Sekvenciranje virusa

Sekvenciranje virusa
Virusi su podložni stalnim promjenama kroz mutacije i varijacije na osnovnom virusu. Navedeno je posljedica evolucije i prilagodbe virusa. Iako većina mutacija neće značajno utjecati na karakteristike virusa, neke mutacije ili kombinacije promjena na virusu mogu dovesti do izmjene nekih njegovih karakteristika koje omogućavaju veću prenosivost ili veći utjecaj na kliničku i/ili epidemiološku sliku.
 
Ovisno o tom utjecaju dobivene varijante dijelimo  u varijante od značaja (variant of concern-VOC), varijante od interesa (variant of interess-VOI) i varijante pod nadzorom (variants under monitoring).

VOC su one za koje postoje jasni dokazi da mutacije u njima imaju značajan utjecaj na prijenos, težinu bolesti i/ili imuni odgovor te će vjerojatno imati utjecaj na epidemiološku situaciju u EU/EEA.


VOC u EU/EEA:
 
SZO oznaka Linije +dodatne mutacije Prvotno dokazana Mutacije od interesa na “spike” proteinu Godina i mjesec detekcije
Alfa B.1.1.7 UK N501Y, D614G 09/2020
  B.1.1.7+E484K UK E484K, N501Y, D614G 12/2020
Beta B.1.351 Južnoafrička Republika K417N, E484K, N501Y, D614G 09/2020
Gama P.1 Brazil K417T, E484K, N501Y, D614G 12/2020
Delta B.1.617.2 Indija L452R, T478K, D614G, P681R 12/2020

VOI su one varijante za koje su dostupni podaci o genomskim obilježjima, epidemiološki i in-vitro dokazi koji ukazuju na značajan utjecaj na prijenos težinu bolesti i/ili imuni odgovor te bi mogle imati utjecaj na epidemiološku situaciju u EU/EEA. Navedeni dokazi su međutim još u preliminarnoj fazi istraživanja ili posjeduju značajnu nesigurnost.

VOI u EU/EEA:
 
SZO oznaka Linije +dodatne mutacije Prvotno dokazana Mutacije od interesa na “spike proteinu” Godina i mjesec detekcije
Eta B.1.525 Nigerija E484K, D614G, Q677H 12/2020
Epsilon B.1.427/B.1.429 SAD L452R, D614G 09/2020
Theta P.3 Filipini E484K, N501Y, D614G,  P681H 01/2021
  B.1.616 Francuska V482A, D614G, H655Y, G669S 02/2021
Kapa B.1.617.1 Indija L452R, E484Q, D614G    P681R 12/2020
  B.1.620 nejasno S477N, E484K, D614G    P681H 02/2021
  B.1.621 Kolumbija R346K, E484K, N501Y, D614G, P681H 01/2021

Varijante pod nadzorom su one za koje postoje indikacije da dijele svojstva slična onima koje nose VOC, ali su dokazi za to slabi ili još neobrađeni od strane ECDC. Navedene varijante moraju biti prisutne bar u jednoj lokalnoj epidemiji, dokazane unutar EU/EEA ili moraju postojati dokazi o prijenosu unutar zajednice negdje u svijetu. U tablici su navedene samo one koje su dobile SZO oznaku.
 
SZO oznaka Linije +dodatne mutacije Prvotno dokazana Mutacije od interesa na “spike proteinu” Godina i mjesec detekcije
Lambda C.37 Peru L452Q, F490S, D614G 12/2020
Iota B.1.526 USA  E484K, D614G, A701V 12/2020
Zeta P.2 Brazil E484K, D614G 01/2021

U suradnji sa ECDC, HZJZ od 09.02.2021. jednom tjedno šalje određeni pozitivnih uzoraka iz RH, slučajnim odabirom ili iz ciljanih epidemioloških potreba,  na sekvenciranje u njemački laboratorij Eurofins.

ECDC-u je do 21.07.2021. RH uputila 7332 uzoraka. Rezultati su zaprimljeni za njih 6956, od čega je u 5776 uzoraka sekvenciranje uspješno provedeno.
 
U tablici su po tjednima sekvenciranja prikazane dokazane varijante.
 
Pristigli rezultati po tjednima Dokazane varijante Ukupan broj sekvenciranih uzoraka
VOC  
Pod nadzorom
Alpha Beta Gamma Delta
B.1.1.7 B.1.351 P1 B.1.617.2
22.-28.02.2021. 38 2     B.1.526 179
4
01.-07.03.2021. 61         176
08.-14.03.2021. 53         182
15.-21.03.2021. 204 5     P.2 352
2
22.-28.03.2021. 204 3       318
29.03.-04.04.2021. 292 4       353
05.-11.04.2021. 303 1       343
12.-18.04.2021. 395         419
19.-25.04.2021. 339         357
26.04.-02.05.2021. 342 1       354
03.-09.05.2021. 315         320
10.-16.05.2021. 350         358
17.-23.05.2021. 429 1       435
24.-30.05.2021. 339 2       345
31.05-06.06.2021.  250     2   254
07.-13.06.2021. 255     11   267
14.-20.06.2021. 147     12   160
21.-27.06.2021. 165     26   207
28.06.-04.07.2021. 83   3 64   151
05.-11.07.2021. 49     43   92
12.-18.07.2021. 44     109   154
 

UPDATE 30.07.2021.
Do današnjeg dana na sekvenciranje je ukupno poslano 7.614 uzoraka, a rezultati su pristigli za njih 7332 (uspješno sekvencirano 6070 uzoraka).
29.7. su pristigli rezultati za 188 uzoraka poslanih na sekvenciranje 20.7. od kojih je 152 uspješno sekvencirano.
Od pristigla 152 uzorka, 20 su uzorci s dokazanom alfa (UK-B.1.1.7) varijantom (13%), a 128 uzoraka s dokazanom delta (B.1.617.2) varijantom (84%) Delta je prisutna u svim testiranim županijama.
Dokazana je jedna alfa + varijanta (B.1.1.7+E484K) u uzorku iz Splita.
U Primorsko-goranskoj županiji dokazana su dva uzorka sa B.1.1.318 linijom koja sadrži mnoge mutacije od značaja, ali ju ECDC još ne vodi kao varijantu.

Literatura: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern